2053年,突然出现的宇宙生命体侵略了地球,直接导致了地球上人口损失过半,在人类方面军反击作战失败之后,日本方面军在富士基地展开了一项名为「Planzet」的最终作战计划。机动战士驾驶员明岛大志接到了死守作战基地的命令,只许死守不准失败,在这场作战前夕,大志将自己的妹妹与家人送往安全的火星避难。事关人类生死存亡的「Planzet」最终打响了,大志面对着多于自己数倍的敌人勇敢的冲了出去,这场人类最后的保卫战就这样打响了……
近一段时间,一种名为特斯多隆瓦斯的神秘气体在地球蔓延,它不仅导致植物大量死亡,也令Z战士的精神力衰退,无法发出气功波。在天神的指示下,孙悟空、悟饭、比克大魔王分别前往世界上四处刻意地点寻找污染源,却遭到狰狞恐怖的怪兽阻拦。虽然好不容易毁灭掉这四处的机器,但污染仍在继续。弗利萨、克维拉、达列斯、史拉格等之前被Z战士铲除的对手死而复生,成为了他们新的阻碍。 在种种诡异现象的背后,一个针对赛亚人全员灭除的邪恶计划正有条不紊地展开。曾经被赛亚人灭族的兹府鲁人,怀着深仇大恨进行着他的复仇……
潜伏于地底的秘密结社铁甲龙,二十年前为了征服世界而以其超科技开发了巨大的八卦机器人,但组织内的天才科学家木原正树的背叛使铁甲龙的计划遭到坏灭的打击,其中最强的天之志雷马落入最终护卫的手中,木原也被射杀。 二十年过去了,铁甲龙再度来袭,被最终护卫绑架的天之志雷马预定驾驶少年秋津正人坐上了被称为天的最强机体……
很久很久以前的时代,天空中白色王国,与地上的黑色王国,保持着“均衡”并同时“循环”着。有一天,在黑色王国因被怪物袭击而毁灭的村子里,一位少年正在挖坟墓。在那个少年面前出现了上一代黑暗之王候选人史基亚斯。被史基亚斯发现的少年,决心成为黑之王子改变这个世界。而另一方面,作为白色王国守护神的光之王爱丽丝,担心光与暗的平衡被破坏。在得到破坏平衡的巴尔出现的消息后,黑暗之王为了讨伐碍眼的巴尔提出盟约。光之王爱丽丝与黑暗王国的使者兼王子相遇,两人“约定”共同建立和平的世界。但是,两人的“约定”却被黑暗之王践踏。两人交换的“约定”与世界毁灭开始之罪,通向“根源”“ZERO”的故事拉开了帷幕――