ガルズオルムとの最終決戦――プロジェクト・リザレクション――を完遂したセレブラントたちは、世界各地の残存部隊との戦いを続けていた。 セレブラントとして舞浜サーバーを守った「ソゴル・キョウ」は、雪が降りしきる冬の舞浜で目を覚ます。 「ずっと 夏にいた気がする……」 記憶の欠損に困惑するキョウだったが、そこに新たな脅威・オルタモーダが出現する。 自らをヒカリタツモノと名乗る「ハル・ヴェルト」はサブスタンスシェイドと呼ばれる未知の能力で襲ってくる。 AI「ルーパ」の助けにより、これまでの記憶をダウンロードしたキョウは光対装備で対抗することになるが、これは互いの世界と存在をかけた戦いのほんの序章に過ぎなかった……。
故事发生于普遍使用“辉砂”以及其结晶体“辉石”作为动力的城市·玛姆盖斯提尔。 运用辉砂与辉石、以咒语或旋律来发动魔法的少女被称为“魔女”,进行着歌唱活动以及驱除怪兽,被人们所敬仰着。 晓之魔女所创设,齐聚了见习魔女们的学校,芙劳拉女子学院。 梦想成为出色魔女的少女·缇亚拉来到了这所学院的门前。