魔王獣の脅威が去り、平和を取り戻した地球。いつものようにシンの珍妙な発明に振り回されるSSPのもとを、かつてオフィスを訪れた少女・ユウカが謎の端末エクスデバイザーを携え、再び訪ねる。ウルトラマンエックスと名乗るその主は、「バディである大空大地を捜し出してほしい」とSSPに語りかけ、3人は彼の依頼を引き受ける。無許可で街に貼り紙をしているところを渋川に見られた矢先、エックスを狙う邪悪な魔女・ムルナウの派遣した宇宙人軍団に狙われ、SSPは絶体絶命の危機に陥る。そこに駆けつけたのは、ナオミに別れを告げたはずのガイだった。実はガイもウルトラマンゼロから宇宙を揺るがす危機を知らされ、ムルナウを追って姿を消したウルトラマンギンガとウルトラマンビクトリーを捜索していたのだ。ガイは単身ムルナウの待つ洋館へ向かうが、屋敷で彼を出迎えたのは、ガイとはすっかり腐れ縁となったジャグラーであった。