宇宙有翼骨獣ゲランダが宇宙空間に出現。ウルトラマンダイナも現れ、戦闘を開始するが、ソルジェント光線の直撃にも耐える敵を前に危機に陥る。しかし次の瞬間、ゲランダは謎の戦艦の砲撃を受けて消滅。ダイナとスーパーGUTSの危機を救ったこの戦艦の正体は、TPCが極秘裏に作った電脳巨艦「プロメテウス」であった。 後日、クリオモス島にてプロメテウスの説明会が開かれた。招かれたアスカたちスーパーGUTSの面々は、そこで開発責任者のキサラギ・ルイ博士に出会う。「人間の思考パターンを読み取ったメインコンピュータが、その人間のとる行動と同様に動かすために無人であり、また圧倒的な破壊力を持つネオマキシマ砲を有する戦艦プロメテウスは、ウルトラマンダイナをも凌ぐ、新たなる人類の希望である」と、プロメテウスへの絶対の自信を語るキサラギ博士に、「大きいだけの戦艦がダイナよりも強力であるはずがない」と憤るアスカ。ヒビキ隊長はそんなアスカを抑えつつも「このような強力な兵器は人類には危険ではないか?」と進言する。キサラギ博士は「時代は常に先へと進む」とヒビキ隊長の言葉を一蹴。その一方で、人間の思考データを用いるという都合上、必要なデータが不足しており、キサラギ博士はそのためにスーパーGUTSの隊員たちの記憶をインプットしようと計画していた。ダイナを例えにしてプロメテウスの優位性を誇示され怒ったアスカは、「こんなデジタル戦艦の能力なんか否定してやる」と自らデータサンプルに志願するのだった。 しかし、データ移植の最中にアスカは意識を失い、過去に戦った怪獣たちとの壮絶な死闘を夢に見る。その中でゲランダとの戦いをも思い出し、ダイナがプロメテウスのネオマキシマ砲を受けて消滅する悪夢に苛まれたアスカは、気を失ってしまった。 マイに介抱してもらっていたアスカ。その時、突如謎の宇宙船がクリオモス島を襲撃する。ヒビキ隊長らがガッツイーグルに乗って迎撃に出るが、マシントラブルで分離出来ず、海上に墜落してしまう。マイとアスカも遅れて駆けつけるが、機嫌の悪いアスカは「足手まといだ」とマイを地下基地へと避難させ、ダイナに変身しようとする。ダイナがプロメテウスに倒される悪夢が脳裏をよぎり、変身を躊躇するアスカだったが、「ダイナは無敵の巨人だ。負けるはずがない」と自身に活を入れて、変身を遂げる。 その時、プロメテウスが出現。しかし宇宙船が照射した光線を浴びたプロメテウスは変形、電脳魔神デスフェイサーに変貌した
テレビシリーズ『ウルトラマンガイア』の主人公・高山我夢が、ウルトラシリーズがフィクション作品として扱われるパラレルワールドを訪れる。そこでは『ウルトラマンガイア』もテレビ番組として放送されている。劇中に登場したテレビ番組『ウルトラマンガイア』の映像はTVシリーズからの流用ではなく、この映画のために新規に撮影されている。 ウルトラマンガイアの新たな形態であるV2とスプリーム・ヴァージョンが登場しており、テレビシリーズで初登場する第26話の本放送日と本作の劇場公開日は同日に行われる形となった。 本作の監督であり『ダイナ』最終章の監督も担当した小中和哉は、当初は『ダイナ』最終回で別の宇宙へ行ったダイナが『ガイア』の世界にやってくる展開を考えていたが、先を視聴者に想像してもらうという『ダイナ』最終回の趣旨に反するために見送り、兄の小中千昭との雑談の中で出たメタフィクションという方向性で企画が進められた。この案が出た時、小中は最初に『ゴジラ・ミニラ・ガバラ オール怪獣大進撃』を思い浮かべたという。 XIGファイターEXやXIGアドベンチャーなどのメカニックは大半がコンピューターグラフィックスで描かれ、ビル爆破のシーンでは実景に合成で破片やガレキを加えるなど、従来のミニチュア特撮とは異なるデジタル特撮による描写が多用された。
地球已经很久没有遭受怪兽的侵害了,似乎恢复了和平。 人类将目光进一步转向宇宙,因此对抗怪兽灾难的队伍规模也在逐步缩小。 而就在这时,神秘宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击。地球与宇宙的联系被斩断,变成了“孤独的行星”。 斯菲亚的恶魔之手也逼近了主角明日见奏大的日常生活,它不停地制造着破坏,最终从漂浮体变成了巨大的形态…… 奏大不顾危险、勇敢地挑战敌人,终于变身成德凯奥特曼。 “就是现在,上吧!” 奏大手握德凯奥特曼的“光”,为了保护昔日的和平奋勇迎战。 为了对抗斯菲亚,新精英队“GUTS-SELECT”重新建立。奏大作为新“精英胜利队”的新队员,与年轻的伙伴们一起对抗巨大的敌人!