江戸城本丸は南野小学校に通う5年生の男の子。勉強もスポーツもパッとしないが、同級生の美少女・河合伊代菜に密かに想いを寄せている。ある日、クラスの席替えで乱暴者のじゃば夫の隣になって、本丸はすっかり困ってしまう。すると、絵本作家の父から借りていた魔法の本が反応し、中から不思議な男の子が飛び出してきた!「たるる~♪ 我こそは大魔法使いタルるート様だあ~!」そのタルるートくんは、本丸の願いごとを叶えてくれるという。半信半疑の本丸は、こんな願いごとをする。「ぼくの友だちになってください!」こうして友だちになった二人は、学校で街でご近所で、摩訶不思議な大騒ぎを次々と巻き起こしてゆく。どんな騒ぎかって?それは見てのお楽しみ。
今日もたこ焼き屋で松五郎が作った大好きなたこ焼きを食べるタルるート。そこへたこ焼きが嫌いなミモラが現れ、タルるートといちゃついているのを見たライバーは悔しさのあまり、松五郎がたこ焼きを作れなければミモラが喜ぶと考え、松五郎のたこ焼き魂を奪う。 それを知った本丸とタルるートは、ライバーに魔法戦を挑むが、誤って、松五郎のたこ焼き魂がネズミと合体してしまい、今度はチュー五郎と魔法対決をする羽目になる。 果たして本丸とタルるートは松五郎のたこ焼き魂を取り戻せるか。
脱走してきた魔法の幼稚園からテイチアヌ先生がタルるートを迎えにやって来る。そんなとき本丸の母・千鶴が原因不明の高熱で倒れてしまう。その病気は魔法界にある命の実しか治すことが出来ないのだ。そんなタルるートに付け込んだテイチアヌは、千鶴を助ける代わりに魔法界に戻ることを無理矢理約束させてしまう。そして魔法界で百万年に一度だけ実を結ぶという命の実を偶然手に入れることは出来たが、さらにそんなとき、地獄界から無敵ロボット・ゴーレムが人間たちをこらしめようと街を破壊し始める。彼を倒す方法もまた、命の実を使うしかないのだった。ロボットを倒すか、千鶴を助けるか、決断を迫られるタルるート。本丸は自分の母のために皆を見殺しにすることは出来ないと命の実をタルるートに渡し、それによって街に平和が戻る。そして千鶴も奇跡的に命を取り止め、そんなタルるートたちの姿を見たテイチアヌは魔法の国に帰っていくのだった。
クラスのアイドルである伊代菜をめぐって、本丸と原子が格闘技で対決をすることに。結果は原子がノックダウンし、本丸が勝利する。 その後、二人の間には友情が芽生えるが、本丸がタルるートの魔法を使って勝っていたことを知った原子は裏切られた憎しみによって、自分も魔法を使うべく世界中から魔法に関する本を集めさせ、美しい少女の魔法使いヌシアードを召喚することに成功する。 ヌシアードの魔法によって不思議なマジックショーを披露、人気を得るも、本丸に対しての憎しみは次第に大きくなっていった。 夏休みに入り、本丸たちは建設中のマリンリゾート原子ランドに招待される。本丸は原子の魔法により伊代菜を怒らせてしまい、本丸と原子は再びリングで対決するも、今度は原子がヌシアードの魔法で本丸とタルるートまでを倒す。それによりタルるートの魔法が何も出来ない自分に本丸は絶望してしまう。 果たして本丸とタルるートは原子を、クラスメイトを救う事ができるか。