人造人間のジロー=キカイダーと、ミツ子・マサルの姉弟、そしてハンペンが行方不明になった光明寺博士を探す旅を続ける。ジローと姉弟、ハンペンは、必ずしも同行しているわけではなく、別行動を取ることも多い。悪の組織ダークのロボット(等身大)とキカイダーが戦う姿、ジローとミツ子の恋、そして父と子供たち(姉弟)の行き違いなども盛り込まれている。
紧接着漫画中电脑奇侠01登场后的剧情发展,并且出现了原创角色电脑奇侠00。但主角依旧是次郎,因为在这部OVA中只有次郎拥有良心回路,也因此只有次郎可以不受基鲁教授控制。原本以为已死的基鲁教授利用电脑黑魔的身体再度复活。在发现基鲁的阴谋之后,三名电脑奇侠以及因妹妹被杀而反叛的美人侠联手攻击基鲁的要塞。但是由于没有良心回路这个关键的零件,三人均被俘虏并改造成基鲁的奴仆。 至于因良心回路而不被侵蚀的电脑奇侠,基鲁并不打算轻易拆下良心回路,而是装上一个自以为完美的附加零件“服从回路”,是对一切邪恶念头与命令均会回答Yes的干扰零件。但是本以为可以完全压倒良心回路的服从回路,却意外因两者对抗发生融合。最终流泪杀死哥哥01以及弟弟00的次郎,面对惊恐的基鲁说道:“对,我学会说谎了。”正因为本来纯粹的次郎的灵魂被污染而学会了说谎,于是他才得以骗过测试机器而被放出。 “我应该永远都会被良心和邪念所折磨吧。”这是次郎杀死基鲁前最后所说的话。OVA的结局以极度悲凉的气氛收场,原本兄弟姐妹5人团聚后再次只剩下次郎一人,而成功拥有完整人类灵魂的次郎,就像他自己预测的那样,永远被良心和邪念所折磨,走向自己的终点……
人造人次郎在试验室发生意外后走出,但对自己的身世、能力一无所知。后来在光明寺博士的女儿美津子帮助下认识了自己。跟着次郎凭着他的勇气和力量与基鲁大人和他的“兄弟”人造人展开一系列战斗…… 次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物,但是身为一个有自主意识的人造人,次郎的思维装置──“良心回路”在完成时出了问题。人类害怕次郎,因为次郎可以不断学习,最后超越人类;而机器人也讨厌次郎,因为拥有良心回路的机器人更加接近人类。并且,有良心回路的机器人可以拒绝命令,更是让次郎被人类和机器人两边都排斥的原因。 在与基鲁教授的战斗中,次郎一边从战斗学习促使良心回路成长,一边寻找光明寺博士的下落。这时,自称次郎的弟弟的人造人三郎,为了确认自己存在的意义而向次郎挑战,而让次郎无法还手的关键,就是冷酷的基鲁教授,竟把光明寺博士的脑放在三郎体内!