国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人,以一个旁观者的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。一天,时空之神宙斯把未来日记植入他的手机中,这日记记录的是他未来90天发生的事,包括考试内容、遇到的危险等。但这个“日记”一旦被破坏,持有者的未来将会同时消失,也就是持有者会立刻消失。宙斯已选定十二位未来日记持有者,而最后生存的人将会成为宙斯的继承者,掌握支配时空的“神之座”。他跟同样拥有未来日记的其余11人,展开你死我活斗争的杀人游戏。
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距东京大地震已经过去了10年,人们逐渐淡忘这场大灾难带来的恐怖回忆。初二学生五十岚丸太在10年前经历了东京大地震,但是由于年纪小的缘故,对地震前的事情记得不是那么清楚。现在他每天都过得很平凡,但这一切后来被打破。有一天他的班级出现了一名漂浮在空中的“红色男子”,他将班级里所有的人杀光,只留下丸太一人存活。就这样后来丸太的平静生活烟消云散,因谋杀被判处死刑,被送进了日本唯一的完全民营化监狱“亡灵幻境”,开始了残酷的监狱生死战……
故事发生在「CHAOS;HEAD」的“涩谷崩坏”事件一年半之后的世界,而舞台则从涩谷转移到了秋叶原。主角冈部伦太郎是一位深度中二病的大学生,时常幻想自己身肩重任,并自称“狂气的疯狂科学家・凤凰院凶真”,不过说到底其作为不过就是在名为“未来道具研究所”中与两个伙伴开发着奇奇怪怪又不切实际的东西。然而,这样的他们却在偶然间发明出可以把电子讯息传送过去的时间机器。在他们对未来及过去知道得越多的同时,却不知道危难正渐渐临到自己身上……